Sau khi theo học tại trường trung học Diocesan College, Mark Shuttleworth vào Đại học Cap và tốt nghiệp với 2 bằng về Kinh tế và Quản trị hệ thống thông tin.

Ông sáng lập Thawte năm 1995, một công ty chuyên về bảo mật Internet. Đến tháng 12 năm 1999 ông ta bán nó cho VeriSign với giá hơn 500 triệu đô vào thời đó. Sau đó, Shuttleworth lập HBD Venture Capital, công ty chuyên về đầu tư mạo hiểm, và thiết lập Quỹ Shuttleworth để tài trợ cho các dự án giáo dục ở Nam Phi.

Giữa thập niên 1990, ông tham gia vào việc phát triển hệ điều hành Debian. Đến năm 2004, ông quay trở lại thế giới mã nguồn mở bằng việc sáng lập ra Ubuntu, một bản phân phối Linux mới (với mục tiêu là phổ biến nó đến mọi người) thông qua công ty của ông ta là Canonical Ltd. Năm 2005, ông lập thêm quỹ Ubuntu Foundation với số tiền đầu tư ban đầu là 10 triệu đô la. Mục đích là trả công cho những nhà phát triển Ubuntu.

Ngày 15 tháng 10 năm 2006, Shuttleworth trở thành nhà bảo trợ đầu tiên của KDE, với mức đầu tư cao nhất chưa từng có.